Mộ Dung Bảo sau đó phải đối mặt với vấn đề thừa kế. Thanh Hà công Mộ Dung Hội được Mộ Dung Thùy coi là đứa cháu có tài năng nhất, và khi Mộ Dung Thùy tiến hành chiến dịch cuối cùng của ông, ông ta đã để cho Mộ Dung Hội trấn thủ Long Thành. Khi Mộ Dung Thùy nằm trên giường bệnh, ông ta thậm chí còn bảo Mộ Dung Bảo lập Mộ Dung Hội làm thái tử, song Mộ Dung Bảo lại quý mến người con tên là Mộ Dung Sách (慕容策), và không ủng hộ Mộ Dung Hội. Mộ Dung Thịnh cũng không muốn Mộ Dung Hội làm thái tử và khuyến khích cha lập Mộ Dung Sách làm thái tử. Mộ Dung Sách lên ngôi thái tử vào năm 396, còn Mộ Dung Hội và Mộ Dung Thịnh được phong tước vương, Mộ Dung Thịnh khi đó trở thành Trường Lạc vương. Mộ Dung Hội đã không hài lòng trước việc này và bí mật tính kế nổi loạn.

Sau đó cũng trong năm 396, Bắc Ngụy mở một chiến dịch lớn chống lại Hậu Yên và nhanh chóng chiếm được Tĩnh Châu (并州, nay là trung bộ và bắc bộ Sơn Tây) và sau đó tiến về Trung Sơn và bao vây kinh thành. Vào mùa xuân năm 397, sau khi không thể buộc quân Bắc Ngụy từ bỏ việc bao vây và sau khi Triệu vương Mộ Dung Lân nổi loạn, Mộ Dung Bảo đã quyết định từ bỏ Trung Sơn và chạy về Long Thành. Mộ Dung Thịnh đi theo cha và cùng đến chỗ quân của Mộ Dung Hội, Mộ Dung Hội lúc này lại đang từ Long Thành tiến về phía nam. Sau đó, Mộ Dung Hội giết chết Mộ Dung Long và làm bị thương nặng Mộ Dung Nông với mục đích tiến hành chính biến nhằm buộc Mộ Dung Bảo phải lập mình làm thái tử, tuy nhiên, cuối cùng thì Mộ Dung Hội bị đánh bại và bị giết. Trong khi đó, Mộ Dung Thịnh trở thành một trong các đại tướng.

Năm 398, bất chấp lời khuyên của Mộ Dung Thịnh và Mộ Dung Nông, Mộ Dung Bảo khăng khăng mở một chiến dịch khác để chiếm lại các lãnh thổ đã bị mất, ông ta giao cho Mộ Dung Thịnh trấn thủ Long Thành trong lúc mình xuất quân. Các binh lính đã kiệt sức nên họ đã nổi loạn trên đường tiến quân, Mộ Dung Bảo vì vậy phải quay lại Long Thành để cùng Mộ Dung Thịnh thủ thành, song đến khi Mộ Dung Nông ra hàng quân nổi loạn thì Long Thành đã thất thủ, và hai cha con Mộ Dung Bảo và Mộ Dung Thịnh buộc phải chạy đến Kế Thành. Nhạc phụ của Mộ Dung Thịnh là Lan Hãn sau đó chiếm được Long Thành và thỉnh cầu Mộ Dung Bảo quay trở lại. Mộ Dung Thịnh không tin tưởng vào nhạc phụ của mình nên đã khuyên bảo cha cùng bí mật tiến về phía nam để đến chỗ Mộ Dung Đức (ông tin là đang trấn giữ Nghiệp Thành), song lại không biết rằng vào lúc đó Mộ Dung Đức đã từ bỏ Nghiệp Thành và đến Hoạt Đài (滑台, nay thuộc An Dương, Hà Nam) và lập nước Nam Yên. Khi Mộ Dung Bảo và Mộ Dung Thịnh đến vùng lân cận Hoạt Đài, họ đã biết tin tức trên thực tế và lại chạy về phía bắc. Trên đường đi, Mộ Dung Thịnh đã cố gắng thu hút được nhiều ủng hộ từ những người dân nay nằm dưới quyền cai trị của Bắc Ngụy tập hợp lại dưới tay của Mộ Dung Bảo để tiến hành kháng chiến, song Mộ Dung Bảo lại tin tưởng vào lòng trung thành của Lan Hãn nên đã trở về Long Thành. Mộ Dung Thịnh không thuyết phục nổi cha nên đã rời bỏ cha và đi ẩn náu.

Các lo lắng của Mộ Dung Thịnh về Lan Hãn là chính xác, khi Mộ Dung Bảo đến vùng lân cận Long Thành, Lan Hãn đã cử Lan Gia Nan (蘭加難) đến chỗ Mộ Dung Bảo rồi giết chết. Lan Hãn sau đó giết chết Mộ Dung Sách, cùng với hầu hết các thành viên trong hoàng tộc Mộ Dung, và tự xưng là Xương Lê vương, nắm quyền cai trị lãnh thổ còn lại của Hậu Yên.